Franz Essl arbeitet im Umweltbundesamt in der Abteilung Biologische Vielfalt und Naturschutz. Seit 2013 arbeitet er in einer zweiten Halbtagsstelle zusätzlich an der Universität Wien in der Abteilung für Naturschutzbiologie, Vegetations- und Landschaftsökologie als Universitätsassistent.